Le site Natura 2000 de la Vallée de la Gioune héberge de nombreuses espèces animales et végétales. Sur ce site, l'Etat s'est engagé à mettre en oeuvre une politique de conservation et de restauration des habitats, habitats d'espèces et espèces de la Directive européenne.
Habitats naturels et habitats d'espèces
Ce site a été désigné pour la présence de plusieurs habitats d’intérêt communautaire tels que les landes sèches, pelouses à Nard, les végétations des zones humides (tourbières et prairies à molinie) ou encore les hêtraies à houx et tourbières boisées. Concernant ces milieux visés par la Directive "habitat", la Gioune abrite 15 habitats d’intérêt communautaire.
Parmi ces habitats on note notamment la présence de plusieurs types de tourbières selon leur état de conservation : les tourbières hautes actives (32,86 hectares), les tourbières hautes dégradées (encore susceptible de régénération naturelle) (28,47 hectares) et les tourbières de transition et tremblante (3,31 hectares).
Parmi ces habitats d’intérêt communautaire, les habitats prioritaires identifiés représentent alors environ 106 hectares. Ce sont les tourbières hautes actives, les formations à Nard raide et les forêts alluviales.
La cartographie de végétations du site date de 2003 (disponible ci-contre), et en plus de dix ans les habitats ont pu évoluer, celle-ci nécessite donc d’être mise à jour. Le Parc naturel régional de Millevaches en Limousin, dans le cadre de l’animation du site et de la mise à jour du DOCOB, prévoit donc de vérifier l’ensemble des Habitats d’Intérêt Communautaire et d’évaluer leur état de conservation. La cartographie a ainsi été reprise au cours de deux phases de terrain et de saisie des données en 2017 et 2018, en collaboration avec le Conservatoire botanique national du Massif central (CBNMC) et grâce à l'implication de deux stagiaires.
Espèces d'intérêt communautaire
Concernant la faune, parmi les nombreuses espèces présentes sur la Vallée de la Gioune, 6 espèces sont inscrites à la Directive Habitat Faune Flore. Ce sont les espèces dites d'intérêt communautaire. Parmi elles, on compte notamment la Loutre d’Europe, la Barbastelle (chauve-souris), la Bruchie des Vosges (mousse) ou encore le Damier de la Succise (papillon) et le Chabot. La présence de nombreuses espèces d’oiseaux protégées vient également confirmer l’importance de ce site.
Espèces patrimoniales
De nombreuses autre espèces, protégées ou non, sont également présentes et doivent être prises en compte dans la gestion, même si elles ne sont pas directement visées par la Directive. On parle alors d'espèces patrimoniales, comme la Drosera à feuilles rondes, le Cordulégastre annelé et le Circaète Jean-le-Blanc.