Les éléments de diagnostic du patrimoine naturel et des activités humaines présents sur le site de la Vallée de la Gioune mettent en évidence les éléments suivants :
Le maintien de la qualité de l'eau, la préservation des habitats d'espèces, la restauration des habitats naturels, l'amélioration des connaisances et une meilleure valorisation du site sont les enjeux majeurs de l'animation Natura 2000 de ce site.
Ci-dessous sont listées les activités ayant une incidence sur le site Natura 2000 "Vallée de la Gioune" :
| Libellé des activités | Influence | Intensité |
| Chasse | Négative | Moyenne |
| Circuit, piste | Négative | Moyenne |
| Collecte (champignons, lichens, baies, …) | Négative | Moyenne |
| Comblement et assèchement | Négative | Forte |
| Coupe forestière (éclaircie, coupe rase…) | Négative | Forte |
| Extraction de sable et graviers | Négative | Forte |
| Extraction de tourbe | Négative | Forte |
| Fertilisation | Négative | Moyenne |
| Parking et aires de stationnements | Négative | Moyenne |
| Plantation forestière en milieu ouvert | Négative | Forte |
| Pâturage | Positive | Forte |
| Réseaux de communication et de transport de fluides et d'énergie | Négative | Moyenne |
| Sentiers, chemins, pistes cyclables (y compris route forestière) | Négative | Moyenne |
| Utilisation de biocides, d'hormones et de produits chimiques | Négative | Moyenne |
| Véhicules motorisés | Négative | Moyenne |
Source : INPN